医療法人やクリニックの承継・M&Aを検討する際、多くの経営者が気になるのが 「補助金は使えるのか？」 という点です。
特に近年は、医師の高齢化や後継者不足、物価・人件費の上昇により、クリニック・病院の譲渡や統合が加速しています。その一方で、設備投資や働き方改革対応のコストが増大し、資金負担をどう抑えるかが経営上の大きな課題となっています。
しかし実は、すべての補助金が医療法人の買収に使えるわけではありません。
制度によっては、「医療法人は対象外」「買収が目的の場合は不可」「持分あり法人は対象外」など、複雑な条件が存在します。
さらに、補助金を受け取れたとしても、事業計画書や実績報告の作成、返還リスク といった実務的な注意点も見逃せません。
本記事では、
- 医療法人が利用できる補助金・助成金の種類
- 買収（M&A）と補助金の関係
- 補助金を活用する際に避けるべき落とし穴
- 実際に補助金を使って成功した・失敗した事例
まで、経営者目線で分かりやすく整理 して解説します。
「補助金を上手に使って、買収の負担を減らしたい」
「制度が複雑で、どれが使えるのかわからない」
そんな経営者の方にとって、実務で役立つ内容になっています。
1. 医療法人が活用できる補助金の基礎
医療法人は公益性を持つ組織であるため、国や自治体は地域医療の維持・拡充を目的に、さまざまな補助金・助成金制度を設けています。しかし、制度ごとに対象条件や用途が異なるため、仕組みを正しく理解した上で申請することが重要です。
1-1. 医療法人向け補助金・助成金の種類と概要
医療法人が利用できる補助金には、主に次の分野が存在します。
| 分野 | 補助の目的 | 代表的な補助内容例 |
| 設備更新・医療機器導入 | 診療体制の強化・医療レベル向上 | 画像診断装置、内視鏡、X線装置など |
| クリニックの改修・増改築 | 感染症対策や患者導線改善 | 換気設備、動線改善工事、バリアフリー化 |
| ICT・DX（デジタル化） | 業務効率・患者利便性向上 | 電子カルテ、予約・問診システム、オンライン診療 |
| 人材確保・働き方改革 | 離職防止・採用強化 | スタッフ研修、勤務環境改善、職場支援制度 |
多くの医療法人が必要とする分野に対応しているため、買収後や運営改善の局面で非常に役立つ制度と言えます。
1-2. 「補助金」と「助成金」の違い
「補助金」と「助成金」は似ていますが、次の点が異なります。
| 項目 | 補助金 | 助成金 |
| 目的 | 特定の政策の推進・産業育成 | 雇用・働き方改善などの支援 |
| 主体 | 経産省・厚労省・自治体など | 主に厚生労働省 |
| 申請時の審査 | あり（競争性・採択制） | なし（条件を満たせば原則受給可能） |
| 必要な書類 | 計画書・見積書・成果報告書など多い | 条件証明や届出が中心 |
| 受給難易度 | 高い | 比較的低い |
ポイントとしては：
- 補助金は“審査に通る必要がある” ため、計画性と受給要件の理解が必須。
- 助成金は“要件を満たせば支給される” ため、労務改善の取り組みが鍵になる。
経営改善に向けては、補助金と助成金の両方を組み合わせることが効果的です。
1-3. 医療法人格での補助金利用の注意点（対象可否など）
医療法人が補助金を利用する際には、次の点に注意が必要です。
① 医療法人の種類により対象外となる場合がある
特に 持分あり医療法人 は、政策上、補助金が限定されるケースがあります。
（※持分なし医療法人への移行で対象が広がる場合あり）
② 対象となる経費に制約がある
- 買収費用（M&A対価）には基本的に使えない
- しかし、買収後の設備更新・DX化・働き方改革には使える
つまり、補助金は「買うため」ではなく**“買った後の成長投資に使うもの”**です。
③ 計画書・効果説明の精度が重要
補助金は「地域医療にどんな価値が生まれるか」を重視されます。
例：
- 予約システム導入 → 患者待ち時間30%削減 → 高齢者の通院しやすさ向上
といった、改善効果を数字で説明できると採択されやすくなります。
2. 医療法人買収（M&A）と補助金の関係性
医療法人の買収（M&A）は、後継者不在や事業継続のための選択肢として年々増えています。しかし、買収後の運営には設備更新・働き方改善・マーケティング強化などの投資が必要となり、補助金・助成金の活用が大きな支援となります。
ここでは、医療法人M&Aと補助金の関係性を整理します。
2-1. 医療法人M&Aとは何か？基礎理解
医療法人のM&Aとは、医療法人の経営を第三者が引き継ぐ形で事業を継続することを指します。後継者不在や引退検討の医師が増えている中、特に増加している手法です。
主なM&Aの形式
| 形式 | 内容 | 特徴 |
| 出資持分の譲渡（持分あり法人） | 出資者の所有権を譲渡 | 手続きが比較的シンプル |
| 社員総会の構成変更（持分なし法人） | 理事や社員を交代して法人の運営権を移転 | 公益性が高いため行政確認が必要 |
| 事業譲渡 | 診療所・機器・スタッフなど事業部分のみを譲渡 | 法人自体は引き継がない |
M&Aが選ばれる理由
- 後継者がいないまま閉院すれば、地域医療に損失が出る
- 既に運営されているため、ゼロから開業するよりリスク・労力が小さい
- スタッフや患者を引き継げるため、経営基盤が崩れにくい
2-2. 買収に伴って補助金適用が可能か？最新の制度動向
結論から言うと、買収に伴う「M&A対価そのもの」には補助金は基本的に使えません。
しかし、買収後の運営改善・設備投資・DX化などには補助金が活用できます。
適用可能なケース（活用例）
| 領域 | 例 | 対応する補助金 |
| 老朽化した機器の更新 | 内視鏡、CT、エコー更新 | 医療機器導入支援補助金 など |
| 予約・問診・電子カルテ導入によるDX | オンライン診療対応・待ち時間短縮 | 医療DX推進支援事業 など |
| スタッフ定着や働き方改善 | 夜間勤務の負担軽減、研修制度構築 | 人材確保等支援助成金 など |
2024〜2025年のトレンド
- 国は 「医療DX」「働き方改革」「地域包括ケア」 を重点政策にしている
- そのため デジタル化・人材関連の補助金が拡充傾向
つまり、買収後の経営戦略に補助金を組み込むことで、資金負担を抑えながら再生・成長させることが可能です。
2-3. 補助金利用が潜むリスク：返還義務・対象除外など
補助金は「もらえるお金」ですが、条件を誤ると返金や不支給のリスクがあります。
代表的な注意点
| リスク | 内容 | 対策 |
| 対象経費の誤り | M&A対価や不適切費用を申請 → 不支給・返還 | 申請前の精査が必須 |
| 法人形態の条件 | 持分あり医療法人 は一部補助金が対象外 | 持分なし化 を検討 |
| 実績報告の不備 | 工事完了報告や稼働実績が必要 | 会計・事務体制の整備 |
| コンプライアンス違反 | 労務不備・診療報酬返還があると対象外 | 労務/レセ管理の見直し |
特に多い返還理由
- 設備導入後、運用状況を証明できなかった
- 助成目的に反した運営が行われた
→ 「申請前に経営計画を設計すること」が最重要です。
✅ まとめ
- 医療法人M&Aは後継者不在対策・経営継続の有効な解決策
- 買収費用には補助金は使えないが、買収後の設備投資・DX・人材対策には活用可能
ただし 条件を誤ると返還リスク
3. 補助金を活用して買収・承継プロセスを効果化する方法
医療法人の買収・承継において補助金を効果的に活用するには、申請のタイミング・事前準備・事業計画の3つが非常に重要です。
補助金は「事後で使えるお金」ではなく、「事前に準備しなければ使えないお金」です。
ここでは、スムーズに活用するための実務的なポイントを整理します。
3-1. 買収前に整えるべき補助金適用準備（書類・体制）
補助金は、買収が決まってから申請するのではなく、買収交渉の段階で準備をスタートすることが必須です。
✅ 事前に整えるべき主な準備
| 項目 | 内容 | 目的 |
| 事業計画書 | 今後の診療内容、投資、採用計画などを記載 | 補助金の審査は「未来の計画」を重視するため |
| 財務諸表・損益計算書 | 直近3期分が基本 | 経営の健全性を示す |
| レセプトデータ分析 | 診療構造・患者属性・単価など | 投資効果の根拠となる |
| 労務体制の整理 | 雇用契約、勤務形態、労務ルール | 労務問題があると補助金不支給の可能性 |
🔍 なぜ「体制整備」が重要なのか
補助金審査では、「投資が持続的に効果を生むか」が注目されるため、
内部管理体制が弱いと不採択になることが多いためです。
3-2. 補助金との併用が可能な買収スキームとその活用法
医療法人の買収方法は複数ありますが、スキームによって補助金の使いやすさが異なります。
✅ 代表的な買収スキームと補助金活用のしやすさ
| スキーム | 補助金活用のしやすさ | 理由 |
| 出資持分譲渡（法人ごと引き継ぐ） | ◎ | 組織がそのまま継続されるため、補助金が適用しやすい |
| 社員変更による運営権移転（持分なし法人） | ○ | 行政手続きが多いが、制度的に補助金と相性が良い |
| 事業譲渡（事業だけ引き継ぐ） | △ | 法人格が変わるため、補助金対象が新規扱いになる場合 |
⭐ ポイント
- 買収後に実施するDX投資・人材投資こそ補助金が活用しやすい
- 逆に、買収額そのものに補助金は使えない（基本ルール）
💡 例：クリニック買収後の補助金活用ストーリー
- 予約システム・問診システム導入 → DX補助金
- 看護師研修プログラム導入 → 人材確保等支援助成金
- 地域包括ケアへの連携強化 → 地域医療体制整備補助金
→ 買収後3〜12ヶ月間を「補助金活用フェーズ」として計画することが重要
3-3. 補助金申請時の実務チェックポイント（スケジュール・報告義務）
補助金を活用する上で、最も多いトラブルは「スケジュール管理ミス」と「書類不備」です。
✅ 申請から受給までの一般的な流れ
| 段階 | 期間 | 内容 |
| ① 公募開始〜計画書作成 | 約1〜2ヶ月 | 投資計画・効果測定方法を策定 |
| ② 申請〜採択審査 | 約1〜3ヶ月 | 交付決定が下りてから着手が原則 |
| ③ 補助対象事業実施 | 約3〜12ヶ月 | 設備導入・研修実施など |
| ④ 実績報告 | 約1〜2ヶ月 | 支払証憑や稼働実績を提出 |
| ⑤ 補助金の支払い | 約1〜3ヶ月 | 事後支払が基本 |
⚠️ よくある失敗と対策
| 失敗例 | 原因 | 防止策 |
| 交付決定前に設備契約してしまう | 補助金は「事前着手禁止」 | 契約前に必ず事務局確認 |
| 実績報告用の証憑を保管していない | 管理体制不足 | 支払証明は必ず電子保管 |
| 効果報告内容が不十分 | KPIs未設定 | 着手前に数値目標を設定 |
→ 補助金は「書類のプロ」と一緒に進めるのが基本
（税理士・社労士・医療M&Aコンサルなど）
✅ まとめ：補助金は「買収後の成長戦略の鍵」
- 補助金は 買収前からの計画設計が最重要
- M&Aスキームによって 補助金活用難易度は変わる
- 申請は「事前準備・書類管理・効果測定」までセットで考える必要がある
4. 医療法人が利用しやすい代表的な補助金一覧と活用事例
医療法人が活用できる補助金は、目的によって「設備投資」「人材確保」「業務効率化」「地域医療連携」など複数に分かれます。ここでは、活用しやすい制度だけを厳選し、どのような買収・承継フェーズで役立つのか もあわせて解説します。
4-1. 代表的な補助金と対象用途
| 補助金名 | 主な用途 | 対象経費例 | 活用しやすい場面 |
| IT導入補助金 | 予約・問診システム、電子カルテ等の導入 | ソフトウェア費用・導入サポート費用 | 買収後の業務効率化・受付負担軽減 |
| ものづくり補助金（DX類型含む） | 医療DX・設備更新・診療機器投資 | 内視鏡装置・画像診断機器等（要要件） | 設備の老朽化が課題の医療法人の再生 |
| 人材確保等支援助成金 | 看護師・事務職の教育・採用定着 | 研修費・就業規則改訂・処遇改善 | 看護師離職率が高いクリニック・病院 |
| 地域医療介護総合確保基金 | 地域包括ケア・在宅医療整備 | 訪問診療体制構築、連携会議運営費 | 地域医療連携を強化したい病院 |
| 働き方改革推進支援助成金 | 勤務時間短縮・交代制導入 | 業務分担ツール、外部支援費 | 当直時間・労働時間是正が必要な医療法人 |
✅ ポイント
- 買収そのものには補助金は出ない
- 買収後の「機能強化」「体制再構築」に補助金が使える
- 「何に使うか」を明確にして申請の順番を設計することが重要
4-2. 医療法人の買収後に補助金を成功活用した事例
事例①：内科クリニック（個人開業→医療法人化→M&A）
課題： 受付・会計処理が属人化しており、業務効率が悪い
活用補助金： IT導入補助金
実行内容：
- オンライン予約＋AI問診導入
- 会計処理とレセコンの自動連携
結果： - 受付待ち時間が平均 18分 → 6分に短縮
- スタッフ残業時間が 35%削減
→ 買収後の業務改善と定着に補助金が効果的に働いた例。
事例②：外科クリニック（院長高齢化により事業承継）
課題： 医療機器が老朽化し患者数が減少
活用補助金： ものづくり補助金（設備投資枠）
実行内容：
- 新型内視鏡システムと画像診断装置を導入
結果： - 内視鏡検査の件数が 月平均＋28件増加
- 紹介患者が増え、外来収益が 18% 改善
→ 設備投資が承継後の経営回復に直結した例。
事例③：地域密着型病院（連携強化による差別化）
課題： 在宅・介護領域との連携が弱く病床利用率が低迷
活用補助金： 地域医療介護総合確保基金
実行内容：
- 在宅訪問医療体制を構築
- ケアマネ＆訪問看護ステーションと定例会議を設定
結果： - 地域との紹介循環が生まれ、病床利用率 65% → 83%
→ 地域包括ケア時代における継続経営モデルの好例。
4-3. 補助金活用で成功する医療法人の共通点
| 成功する組織 | 失敗する組織 |
| 事業計画が「数字」まで落ちている | ふわっとした理念だけで動いてしまう |
| 申請前に業務プロセスを整理している | 申請後にバタバタして書類が追いつかない |
| 効果指標（KPI）を決めている | “成果が出たかどうか”が曖昧 |
| 専門家と一緒に進めている | 院内担当者だけで抱え込む |
→ 補助金は、「戦略の後追い」ではなく「戦略を強くするツール」として使うことが成功の鍵。
5. 補助金と医療法人買収を成功させるための専門家活用戦略
医療法人の買収（M&A）と補助金活用は、どちらも 法律・税務・労務・行政手続・医療制度 が絡む複雑な領域です。
そのため、「1つの相談先だけ」で進めようとすると、情報の偏りや手続き漏れが発生しやすく、結果として 補助金が不採択・返還・買収後トラブル に繋がるケースが少なくありません。
ここでは、補助金と買収を成功させるために、どの専門家をどのタイミングで関与させるべきかを整理します。
5-1. 関与すべき専門家の種類と役割
| 専門家 | 役割 | 依頼するべきタイミング |
| 医療M&Aコンサルタント | スキーム選定、買収交渉、承継計画設計 | 最初に（買収検討段階） |
| 税理士 / 会計士 | 財務デューデリジェンス、補助金会計処理、返還リスク管理 | 買収条件精査〜実行後 |
| 社会保険労務士 | 労務体制整備、就業規則見直し、人材定着計画 | 買収成立後〜補助金実行フェーズ |
| 行政書士 / 申請代行専門家 | 補助金申請、交付決定対応、実績報告書作成 | 補助金申請前〜完了報告まで |
| 医療法務弁護士 | 契約書チェック、許認可継承、トラブル予防 | 契約締結前 |
✅ ポイント
- 医療M&Aは“買って終わり”ではなく、“買ってからが本番”
- 専門家の役割は 「順番」と「連携」 が重要
5-2. 専門家を入れないことで発生しやすい失敗例
| よくある失敗 | 発生理由 | 結果 |
| 補助金が不採択 | 事業計画に数値根拠がない | 投資の遅れ・資金繰り悪化 |
| 補助金が返還になる | 証憑管理・実績報告の不備 | 数百万円単位の返還リスク |
| スタッフの大量離職 | 労務体制再構築が遅れた | 外来患者数低下・経営悪化 |
| 買収契約の瑕疵 | 法務チェック不足 | 運営停止リスク・損害賠償 |
→ 補助金だけでなく、買収の“成功確率”そのものに差が出る。
5-3. 専門家を有効に活用するための実行ステップ
① 現状整理
- 買収目的（継続？拡大？ブランド維持？）
- 課題（人材？設備？診療体制？）
② 成長計画を数字で設計
- 売上・患者数・診療単価・稼働率・コスト構造の予測
③ 補助金活用の優先順位を決定
- 最初の3〜12ヶ月で効果が出る施策から選ぶ
④ 専門家チームで伴走体制を構築
- 1人ではなく 「財務 × 労務 × 申請」の複合チーム
⑤ 定期レビューで改善（PDCA）
- 四半期ごとに計画の見直し を行うことで、継続性が高まる
✅ まとめ：補助金 × 医療法人買収は「戦略型M&A」が成功の鍵
- 補助金は “買収を安くするためのもの”ではなく “買収後の成長を加速させるためのもの”
- 早期に専門家を関与させることで 不採択・返還リスクを大幅に低減
- 成功する医療法人は例外なく 「購入前に未来の組織を描いている」
6. まとめ：補助金は「買収後の成長戦略」を強くするツール
医療法人の買収（M&A）と補助金の活用は、単に資金負担を軽減するためのものではなく、買収後のクリニックや病院を“再び強くする”ための戦略そのものです。
- 診療体制を整える
- スタッフが働きやすい環境を作る
- 患者に選ばれる医療の質を高める
- 地域連携やDXで継続的な成長を実現する
こうした取り組みをスピーディに実行するために、補助金・助成金は大きな助けになります。
しかし、制度は複雑で、申請タイミング・事業計画・証憑管理・労務体制まで、一つでも準備不足があると不採択や返還のリスクが生まれます。
だからこそ、医療法人の現場と制度の両方を理解した専門家の伴走が必要です。
H2は、買収前から買収後まで“一気通貫”でサポートします
H2では、
- 医療法人・クリニックM&A支援
- 補助金活用のための事業計画策定
- 買収後の経営改善・DX・人材定着支援
まで、現場に入り込み、成果が出るまで伴走する支援を行っています。
「補助金が使えるのか知りたい」
「買収後の運営が不安」
「設備投資・採用・DXをどう進めればいいか迷っている」
そのような段階でも大丈夫です。
まずは、現在の状況を一緒に整理するところからお手伝いします。
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